Η υπόθεση τοποθετείται στην κρητική επανάσταση του 1889. Ο κεντρικός ήρωας, ο καπετάν Μιχάλης, ένας άγριος και ανυπότακτος πολεμιστής, έχει ορκιστεί να είναι μαυροντυμένος, αξύριστος και αγέλαστος μέχρι να ελευθερωθεί η Κρήτη. Όταν όμως συναντά την Εμινέ, τη γυναίκα του αδελφοποιτού του, του Νουρήμπεη, τον κυριεύει «ένας δαίμονας»· παρά τις προσπάθειές του δεν καταφέρνει να τη βγάλει από το μυαλό του.
Οι υπόδουλοι Έλληνες επιχειρούν με έναν νέο ξεσηκωμό να ελευθερωθούν από τον τουρκικό ζυγό. Αυτός ο ξεσηκωμός, αυτή η φλογερή εξέγερση είναι μέρος της αναζήτησης της ελευθερίας, ακόμα κι αν τελικά το τίμημα είναι ο θάνατος. Στον "Καπετάν Μιχάλη" απεικονίζεται καθαρά η ορμή του ανθρώπου προς τη δικαιοσύνη ενάντια στην τυραννία.